بخش هپاتیت و ایدز در سال 1368 تاسیس گردید. فعالیت تحقیقاتی بخش به‌طور عمده روی ویروس‌های عامل هپاتیت (Viral Hepatitis) و ویروس‌های نقص ایمنی انسانی (HIV) متمرکز شده است که شامل 2 بخش تحقیقاتی و آزمایشگاه روتین است. 

در بخش تحقیقاتی، استفاده از تکنیک‌های مختلف سلولی و مولکولی شامل مهندسی ژنتیک، کشت میکروبی و مخر، کشت سلولی یوکاریوت، Real time PCR، PCR، وسترن بلات، تست CTL، تکنیک‌های مرتبط با فلوسایتومتری و ..... انجام میگردد.

در بخش آزمایشگاه روتین، که پس از سال 91 همکاری خود را به‌عنوان همکار آزمایشگاه مرجع آغاز نموده، از تکنیک‌های مختلفی نظیر الایزا، Real time PCR، PCR و ... استفاده می‌شود.