گروه ویروس شناسی انستیتو پاستور ایران شامل 5 بخش و 27  نفر اعضای هیئت علمی  می باشد که شامل:

1- بخش آربوویروس ها و تبهای خونریزی دهنده ویروسی (آزمایشگاه مرجع کشوری)، (دارای 5  نفر اعضای هیئت علمی)

2- بخش آنفلوانزا و ویروس های تنفسی شایع (آزمایشگاه مرجع کشوری کووید-19)، (آزمایشگاه همکار مرجع کشوری آنفلوانزا)، (دارای 6  نفر اعضای هیئت علمی)

3- بخش ویروس شناسی مولکولی (دارای 5  نفر اعضای هیئت علمی)

4- بخش هپاتیت و ایدز (آزمایشگاه همکار مرجع کشوری)، (دارای 8  نفر اعضای هیئت علمی)

5- بخش هاری (آزمایشگاه مرجع کشوری هاری)، (آزمایشگاه مرکز رفرانس WHO) (دارای 3  نفر اعضای هیئت علمی)