انستیتو پاستور ایران موسسه ای تحقیقاتی، تولیدی و آموزشی است که با هدف تامین بهداشت و سلامت جامعه در سال 1299 تاسیس شد. در آن زمان ضرورت تاسیس موسسه ای علمی که بتواند در زمینه های واگیر فعالیت داشته و قادر به تولید برخی از واکسن ها باشد احساس می شد. بر این اساس در تاریخ 23 اکتبر 1919 میلادی (1298 شمسی) مذاکرات لازم بین هیات های ایرانی و فرانسوی در انستیتو پاستور پاریس صورت گرفت و در تاریخ 20 ژانویه 1920 میلادی (1299 شمسی) قرارداد همکاری بین دو کشور به امضا رسید. از این زمان فعالیت رسمی انستیتو پاستور ایران آغاز شد که این فعالیت به لحاظ کمی و کیفی همچنان در حال گسترش است. پس از جنگ جهانی اول در سال 1298 مذاکرات بین هیئت فرانسوی و ایرانی صورت گرفت و مجوز تاسیس انستیتو پاستور ایران صادر گردید.

بخش هاری در سال 1303 هجری شمسی  در ایران در انستیتو پاستور تاسیس گردید. در سال 1304  واکسن کلاسیک ضد هاری پاستور به جهت درمان افراد هار گزیده در این بخش تولید شدو از سال 1355 هجری شمسی (1976 میلادی) بخش هاری انستیتو پاستور ایران توسط سازمان جهانی بهداشت به عنوان مرکز همکاری با آن سازمان به لحاظ تحقیقات و رفرانس انتخاب گردید.

بخش ویروس شناسی مولکولی از سال 1359 اقدام به تشخیص آزمایشگاهی روتین و مطالعات علمی- تحقیقاتی کرده است و به منظور تحقیق بر روی بیماریهای سیستماتیک ویروسی انسان و تشخیص آنها تاسیس گردید. شروع فعالیت این بخش با تحقیق بر روی بیماریهای پولیومیلیت و آبله بود که با جداسازی ویروسها از نمونه های بالینی ٬ شناسائی آنتی ژنهای ویروسی و تعیین عیار آنتی بادیهای اختصاصی همراه بود.

بخش هپاتیت و ایدز در سال 1368 تاسیس گردید. فعالیت تحقیقاتی بخش به‌طور عمده روی ویروس‌های عامل هپاتیت (Viral Hepatitis) و ویروس‌های نقص ایمنی انسانی (HIV) متمرکز شده است.

آزمایشگاه  آنفلوانزا و ویروس های تنفسی شایع انستیتو پاستور ایران در پائیز سال 1378 به منظور انجام تحقیقات بر روی  ویروس انفلوانزا در راستای تهیه و توسعه واکسن مناسب و سایر طرح های مرتبط، آغاز به کار نمود و در سال 1393 به "بخش انفلوانزا و ویروسهای تنفسی شایع" ارتقا یافت.

بخش  آربوویروسها و تبهای خونریزی دهنده ویروسی در آبان ماه 1379 مبنی بر ضرورت بهداشتی و با توجه به اپیدمی بیماری خونریزی دهنده ویروسی تب کریمه- کنگو در انستیتو پاستور ایران تاسیس گردید. این بخش به عنوان بخش رفرانس کشوری در زمینه تحقیق و تشخیص بیماری های آربوویروسی و تب های هموراژیک ویروسی خصوصاً بیماری تب خونریزی دهنده کریمه- کنگو (CCHF) بوده و در ایران و منطقه منحصر به فرد می باشد.

خلاصه ای از فعالیتهای ماندگار ویروس شناسی انستیتو پاستور ایران:

ساخت و صادرات  انواع واکسن (واکسن‌ آبله)

ریشه کنی آبله در منطقه EMRO

تولید واکسن هاری

ارائه پروتکل ترکیبی آنتی بادی + واکسن برای درمان هار گزیدگی

نقش آفرینی در دوران پاندمی کووید-19 در واکسیناسیون عمومی، تشخیص بیماری و تاسیس شبکه تشخیص آزمایشگاهی در کل کشور

نقش آفرینی در تاسیس شبکه کشوری تشخیص تب کریمه کونگو

تولید واکسن هپاتیت B