آزمایشگاه  آنفلوانزا و ویروس های تنفسی شایع انستیتو پاستور ایران در پائیز سال 1378 به منظور انجام تحقیقات بر روی  ویروس انفلوانزا در راستای تهیه و توسعه واکسن مناسب و سایر طرح های مرتبط، آغاز به کار نمود و در سال 1393 به "بخش انفلوانزا و ویروسهای تنفسی شایع" ارتقا یافت.

نتیجه تلاش چندین ساله همکاران ما در این آزمایشگاه تربیت دانشجویان در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی و نیز چاپ مقالات متعدد در مجلات معتبر داخلی و خارجی و ارائه چکیده مقالات در همایش های ملی و بین المللی می باشد. همچنین در طی این مدت طرحهای تحقیقاتی متعدد به همت همکاران ما به اتمام رسیده و یا در حال انجام می باشد.

در جهت ارتقای سطح دانش تئوری و عملی دانشجویان، از سال 1388 سالیانه دوره های علمی- پژوهشی مدرسه تابستانی انستیتو پاستور ایران (Summer School.com)  برگزار میشود. این دوره ها شامل مباحثی پیرامون اصول روش تحقیق و ایمنی زیستی، روشهای تشخیص مولکولی ویروس انفلوانزا و پژوهش در زمینه تولید واکسن و دارو بر علیه ویروس انفلوانزا میباشد.

با توجه به رسالت انستیتو پاستور ایران در تشخیص، پیگیری و درمان بیماری‌های عفونی و بالأخص بیماری‌های نوپدید و بازپدید در کشور، این بخش فعالیت‌های پژوهشی، آموزشی و خدماتی خود را بر انجام این اهداف متمرکز کرده است. تدوین، اجرا و همکاری در طرح‌های پژوهشی در سطح انستیتو، ملی و بین‌المللی، تدوین و اجرای تحقیقات پایان‌نامه‌ای در مقاطع مختلف و همکاری با سایر مراکز علمی و تحقیقاتی مرتبط در داخل و خارج از کشور از دیگر مأموریت‌های بخش انفلوانزا و بیماریهای تنفسی شایع است. رئیس این بخش خانم دکتر فاطمه فتوحی می‌باشند.