بخش  آربوویروسها و تبهای خونریزی دهنده ویروسی در آبان ماه 1379 مبنی بر ضرورت بهداشتی و با توجه به اپیدمی بیماری خونریزی دهنده ویروسی تب کریمه- کنگو در انستیتو پاستور ایران تاسیس گردید. این بخش به عنوان بخش رفرانس کشوری در زمینه تحقیق و تشخیص بیماری های آربوویروسی و تب های هموراژیک ویروسی خصوصاً بیماری تب خونریزی دهنده کریمه- کنگو (CCHF) بوده و در ایران و منطقه منحصر به فرد می باشد.

تمامی نمونه های محتمل به بیماری های آربوویروسی و تب های هموراژیک ویروسی از سراسر کشور به بخش ارسال می گردد.بخش  آربوویروسها و تبهای خونریزی دهنده ویروسی از دو قسمت تشخیص مولکولی (Real Time PCR, RT-PCR) و تشخیص سرولوژی، ELISA اختصاصی برای شناسایی IgM و IgG تشکیل شده است.

با توجه به عملکرد موفق و تشخیص سریع مولکولی و سرولوژیکی بیماری توسط این آزمایشگاه که نقش موثر در سیستم مراقبت کشوری بیماریهای آربوویروسی و تب های هموراژیک ویروسی در 12 سال گذشته داشته است موفق گردیده که آمار مرگ و میر حاصل از بیماری تب کریمه- کنگو که در سالهای ابتدایی همه گیری بیماری که حدود 40% بوده است به کمتر از 10%تقلیل دهد. که از این لحاظ خوشبختانه کشور ایران جزء کشورهای موفق منطقه و جهان گردیده است.

این بخش در سال 1388 با برقراری سیستم مدیریت کیفیت با رعایت ایزوهای لازم موفق به کسب عنوان "مرجع کشوری" از طرف آزمایشگاه مرجع سلامت گردید.